突破 FUO 診療困境，杰毅 Onco-mNGS 腫瘤提示科研文章合集（二）

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不明原因發(fā)熱（FUO）病因復(fù)雜，診斷困難，約半數(shù)患者難以確診，其中約 14% 為惡性腫瘤，且死亡率高達(dá) 12-35%。由于初診常優(yōu)先考慮感染，腫瘤易被忽視，導(dǎo)致誤診。

為實(shí)現(xiàn)感染與腫瘤的早期精準(zhǔn)鑒別，杰毅生物基于 50 萬臨床數(shù)據(jù)，率先推出 Onco-mNGS 技術(shù)。該技術(shù)在一次檢測(cè)中，既能鑒定病原體，又能通過染色體拷貝數(shù)變異（CNV）分析提示腫瘤信號(hào)，為 FUO 診療提供了高效新方案。為驗(yàn)證其診斷性能，杰毅生物自 2021 年起聯(lián)合全國多家醫(yī)院開展了臨床研究，以下是相關(guān)成果及病例報(bào)告。

1. 期刊：《Frontiers in Medicine》（2021 IF=5.06）

合作單位：蘇州大學(xué)附屬第一醫(yī)院

Diffuse Large B-Cell Lymphoma of the Mandible Diagnosed by Metagenomic Sequencing: A Case Report研究概述：本文報(bào)告一例 52 歲女性患者的下頜骨 DLBCL，并伴有復(fù)發(fā)性發(fā)熱和牙痛，根據(jù) Q-mNGS 結(jié)果排除了微生物感染。另外，通過對(duì)人源核酸序列進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)患者的染色體拷貝數(shù)異常，由此推測(cè)患有癌癥。Q-mNGS 通過檢測(cè) CNV，可促進(jìn)臨床對(duì)腫瘤的關(guān)注，有助于對(duì)腫瘤的早期診斷。結(jié)合病原檢測(cè)和 CNV 分析，Q-mNGS 可提供多層次的診斷線索，有助于優(yōu)化腫瘤診斷的敏感性，對(duì)疑似感染的患者鑒別診斷具有重要意義。

關(guān)鍵詞：拷貝數(shù)變異；彌漫性大 B 細(xì)胞淋巴瘤；不明原因發(fā)熱；下頜骨非霍奇金淋巴瘤；宏基因組二代測(cè)序；非霍奇金淋巴瘤

2. 期刊：《BMC Pulmonary Medicine》?(2022 IF=3.10)?

合作單位：福建中醫(yī)藥大學(xué)第二附屬醫(yī)院

Diagnosis of lung squamous cell carcinoma based on metagenomic Next-Generation Sequencing

研究概述：臨床對(duì)疑似肺部感染患者的治療常依賴經(jīng)驗(yàn)性抗生素。但初步診斷多基于臨床表現(xiàn)和常規(guī)微生物檢測(cè)，其結(jié)果可能存在誤判。本例患者初診為肺膿腫，但抗生素治療無效，經(jīng)宏基因組二代測(cè)序（mNGS）提示存在惡性腫瘤。經(jīng)肺活檢組織 HE 染色及免疫組化檢測(cè)，該患者最終被確診為肺鱗狀細(xì)胞癌。

關(guān)鍵詞：拷貝數(shù)變異；肺膿腫；肺鱗狀細(xì)胞癌；宏基因組二代測(cè)序；肺部感染

3. 期刊：《Oncology Letters》(2023 IF=2.50)

合作單位：貴州省人民醫(yī)院

T-lymphoblastic lymphoma in a child diagnosed by metagenomic sequencing: A case report

研究概述：

患者為一名 8 歲男孩，因出現(xiàn)腹痛、胸悶和呼吸困難超過 5 天就診，并考慮雙側(cè)胸膜、腹部和心包積液。初期診斷為感染，但抗炎藥物無效，且積液標(biāo)本的細(xì)胞學(xué)和腫瘤標(biāo)志物分析未發(fā)現(xiàn)異常。后心包積液送檢 mNGS，未檢出病原體，但 CNV 提示腫瘤。該患者最終診斷為 T 淋巴細(xì)胞淋巴瘤。

關(guān)鍵詞：

T 淋巴母細(xì)胞淋巴瘤；拷貝數(shù)變異；宏基因組二代測(cè)序；多漿膜腔積液；非霍奇金淋巴瘤

4. 期刊：《Frontiers in Immunology》（2023?IF=5.70）?

合作單位：首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京友誼醫(yī)院

Etiological stratification and prognostic assessment of haemophagocytic lymphohistiocytosis by machine learning on onco-mNGS data and clinical data

研究概述：

本研究基于 Onco-mNGS 產(chǎn)生的 CNV 和微生物數(shù)據(jù)，對(duì) 92 例經(jīng)臨床確診的噬血細(xì)胞性淋巴組織細(xì)胞增多癥（HLH）患者進(jìn)行了感染、腫瘤和自身免疫的病因?qū)W分型，并建立和驗(yàn)證了一個(gè)可用于鑒別診斷導(dǎo)致繼發(fā)性 HLH 病因的預(yù)測(cè)模型，最后評(píng)估了 EBV 感染和非 EBV 感染導(dǎo)致的 HLH 患者的治療效果。結(jié)果表明，Onco-mNGS 可用于識(shí)別繼發(fā)性 HLH 患者的感染和惡性腫瘤相關(guān)誘因。基于 CNV 信息、感染病原體譜和血液微生物群落建立的隨機(jī)森林分類模型可用于鑒別不同的 HLH 亞型并確定其潛在的誘發(fā)因素。HLH 患者的治療預(yù)后不僅與 CNV 有關(guān)，還與外周血中的病原和非病原微生物有關(guān)。高 CNV 負(fù)擔(dān)以及 19 號(hào)染色體上的頻繁缺失、高病原載量和低非病原微生物載量等預(yù)后因素與患者的不良預(yù)后結(jié)局呈顯著相關(guān)。該研究為繼發(fā)性 HLH 患者的誘因和預(yù)后預(yù)測(cè)提供了全面的認(rèn)識(shí)，Onco-mNGS 有助于早期診斷和適當(dāng)?shù)陌邢蛑委煟瑥亩纳苹颊叩纳婧皖A(yù)后。

關(guān)鍵詞：

病因?qū)W分型；噬血細(xì)胞性淋巴組織細(xì)胞增多癥；機(jī)器學(xué)習(xí)；Onco-mNGS；預(yù)后評(píng)估

 

5. 期刊：《International Journal of General Medicine》（IF=2.0）

合作單位：福建中醫(yī)藥大學(xué)附屬人民醫(yī)院

Clinical Application and Evaluation of Metagenomic Next-Generation Sequencing for Lower Respiratory Tract Infections and Human Tumor Screening

研究概述：

本研究旨在評(píng)估 mNGS 在下呼吸道感染（LRTIs）與人類腫瘤篩查中的臨床價(jià)值。收集 2020 年 1 月至 2022 年 9 月收治的 188 例患者的樣本（包括支氣管肺泡灌洗液、痰液、肺活檢組織及外周血），采用 mNGS 技術(shù)同步進(jìn)行病原體與染色體拷貝數(shù)變異（CNV）檢測(cè)，同時(shí)進(jìn)行傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)和綜合微生物檢測(cè)（CMT），比較三種方法（mNGS 組、傳統(tǒng)培養(yǎng)組與 CMT 組）的診斷效能。結(jié)果表明，188 例患者中，LRTIs 組 149 例（79.3%），非 LRTIs 組 39 例（20.7%）。mNGS 組的診斷敏感度與準(zhǔn)確度均高于傳統(tǒng)培養(yǎng)組和 CMT 組（P < 0.001；P < 0.001；P < 0.001；P < 0.001），特異性高于 CMT 組（P = 0.039）但低于傳統(tǒng)培養(yǎng)組（P = 0.006）。mNGS 組與傳統(tǒng)培養(yǎng)組的陽性預(yù)測(cè)值均高于 CMT 組（P = 0.004；P = 0.011），mNGS 組的陰性預(yù)測(cè)值高于 CMT 組（P = 0.003）。此外，所有樣本同步進(jìn)行染色體 CNV 檢測(cè)，8%（15/188）呈現(xiàn) CNV 陽性。其中 10 例患者初診被誤診為非腫瘤性疾病，誤診率達(dá) 66.7%（10/15）。對(duì) 13 例確診原發(fā)性或轉(zhuǎn)移性肺癌患者進(jìn)行 BALF CNV 檢測(cè)，陽性率為 38.5%。本研究表明，mNGS 技術(shù)在病原學(xué)診斷中的敏感度與準(zhǔn)確度優(yōu)于傳統(tǒng)培養(yǎng)和 CMT 檢測(cè)。CNV 檢測(cè)是腫瘤尤其是隱匿性腫瘤篩查的重要輔助診斷手段。

關(guān)鍵詞：

基因組不穩(wěn)定性；宏基因組學(xué)；二代測(cè)序；病原學(xué)診斷；呼吸道感染性疾病

總結(jié)

這些研究共同印證了 Onco-mNGS 技術(shù)在不明原因發(fā)熱患者中感染和腫瘤排查中作用顯著，檢測(cè)性能優(yōu)異。mNGS 正從單一的 “感染診斷工具” 演變?yōu)?“病原微生物與腫瘤聯(lián)合檢測(cè)的新方案”。未來有望建立多癌種大數(shù)據(jù)模型，探索腫瘤、遺傳學(xué)領(lǐng)域，借助 AI 優(yōu)化數(shù)據(jù)分析、推動(dòng)多方法聯(lián)用，助力臨床精準(zhǔn)診療。

基于 “毅達(dá) Lab” 病原體檢測(cè)整體解決方案，NGS 本地化用戶不僅可以選擇 mNGS 和 tNGS 并線上機(jī)，更能靈活拓展 Onco-mNGS 檢測(cè)，實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)快速病原檢測(cè)+腫瘤提示雙重獲益，讓 NGS 本地化開展提質(zhì)增效。